企业可以在计算应纳税所得额时扣除的费用主要包括：
1. 员工薪酬及福利费用：
工资、奖金、津贴、补贴等；
社会保险费、住房公积金等福利支出。
2. 生产经营相关费用：
原材料采购费、运输费、租金等；
租赁费（经营租赁和融资租赁）；
合理的劳动保护费支出。
3. 借款利息及财务费用：
银行贷款利息和其他借款利息；
借款资金必须用于生产经营。
4. 广告及宣传费用：
广告费用总额的一定比例（如15%）可以扣除；
超过部分可能需要按摊销方式逐年扣除。
5. 研发费用：
研发人员的工资、奖金、社保等相关费用；
购置原材料、耗材等费用；
设备购置或租赁费用；
支付给外部研发机构的费用；
合理分摊的水电费、房租等间接费用。
6. 税金及附加：
已缴纳的消费税、营业税、城建税、资源税、土地增值税、出口关税及教育费附加；
企业缴纳的房产税、车船税、土地使用税、印花税等。
7. 其他支出：
公益性捐赠支出（不超过年度利润总额12%的部分）；
资产损失（固定资产和流动资产的盘亏、毁损净损失）；
合理的差旅费、会议费、董事会费等；
合理的手续费及佣金支出；
违约金、罚款和诉讼费等。
需要注意的是，扣除的费用必须与取得收入有关、合理且实际发生，并且需要提供相应的发票和凭证以证明其真实性。此外，某些费用如劳动保护费、公益性捐赠等可能存在特定的扣除标准或限制。
