工程合同纠纷的处理方式有以下几种：
和解与协商
当事人可以按照平等互利的原则私下进行协商和和解，达成和解协议。
仲裁
如果和解不成，可以根据建设工程施工合同的规定，交由指定机构进行仲裁。仲裁裁决具有法律效力，一方不履行仲裁裁决的，另一方可以向人民法院申请强制执行。
诉讼
当事人也可以直接向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决纠纷。诉讼是解决合同纠纷的最常见方式。
仲裁和诉讼的区别：
机构不同：仲裁由仲裁机构进行，而诉讼则由人民法院进行。
建议：
和解与协商是首选的解决方式，因为这种方式成本较低，可以快速达成协议，避免长时间的诉讼程序。
仲裁是一种替代诉讼的方式，具有法律约束力，且程序相对简便。如果合同中有仲裁条款或双方事后达成仲裁协议，建议优先选择仲裁。
诉讼是最后的解决手段，适用于和解和仲裁都无法解决的纠纷。诉讼过程可能较为复杂和漫长，但法院的判决具有最终的法律效力。
在处理工程合同纠纷时，建议当事人先尝试和解或仲裁，如果这两种方式都无法解决问题，再考虑通过诉讼解决。同时，为了确保自身权益，建议在合同履行过程中及时签证和保存相关证据，以便在纠纷处理过程中提供有力的证据支持。
